Ders Bilgileri
Ders Adı Kod Yarıyıl T+U AKTS
Biyoenformatik BMM412 8 3 + 0 6

Ön Koşul Yok

Dil Türkçe
Seviyesi Lisans
Tür Mesleki Seçmeli
Koordinatör Doç.Dr. MUHAMMET UZUNTARLA
Dersi Verenler
Amacı Biyoinformatik bilimler ve ilişkili veri tabanları konusunda moleküler biyoloji verilerini kullanarak analizlar yapabilme yeteneği geliştirmek
İçeriği Biyoinformatik alanındaki hesaplamalı uygulamaların gerektiği problemlerin tesbiti ve bunlar için çözüm algoritmaları, Biyoinformatik veri tabanları, formatları, arama motorları; Gen dizisi hizalama yöntemleri; Protein yapı ve özellikleri analiz ve kestirimi; Filogenetik Analiz; Mikrodizi verileri Analizi; Kütle spektrometresi analizi; Gen ağlarını görselleştirme; Dizilimlerde pattern bulma ve eşleme.
İşe Yerleştirme Yok

No Yeterlilikler (Öğrenme Çıktıları)
1 Temel Biyoloji öğretiminde moleküler mekanizmalar konusunda fikir sahibi olmak ve nasıl kullanılacağını anlamak
2 Transkripsiyonun informatiğini öğrenmek
3 Translasyonun informatiğini öğrenmek
4 Biyoinformatik kavramları tanımak
5 Entrez veri tabanlarını ve kullanımını anlamak, BLAST ve karşılaştırmalı eşleştirme yapmayı öğrenmek
6 Mikroarray verileri ve işlenmesini öğrenmek
7 Sistem Biyolojisi kavramları geliştirmek

Öğretim Yöntemi Yüz yüze
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Öğretme Yöntemleri Teorik ve interaktif anlatım
Ölçme Yöntemleri Arasınav, Genel sınav



Ders Akışı
Hafta Konular Ön Hazırlık
1 DNA, RNA yapısı, Genlerin yapısı, Prokaryotlarda ve ökaryotlarda operon İlgili konunun okunması.
2 DNAnın işlenmesi, Restriksiyon enzimleri, Klonlama, BLAST, animasyonlar İlgili konunun okunması.
3 Transkripsiyon faktörleri, doku özgül ekspresyon paternleri ve Translasyonun mekanizmaları animasyonlar İlgili konunun okunması.
4 Replikasyonun mekanizması ve faktörleri, animasyonlar İlgili konunun okunması.
5 Moleküler Biyolojik teknikler ve Genetik mühendislik, Veritabanlarına giriş İlgili konunun okunması.
6 Karşılaştırmalı eşleştirme İlgili konunun okunması.
7 Çoklu karşılaştırmalı eşleştirme İlgili konunun okunması.
8 BLAST İlgili konunun okunması.
9 Arasınav İlgili konunun okunması.
10 BLAST algoritmaları, matrisler İlgili konunun okunması.
11 Mikroarrayler ve gen ekspresyonu paternleri İlgili konunun okunması.
12 Veri analizleri ve istatistiksel anlamlandırma testleri İlgili konunun okunması.
13 DNA'nın evrimi ve farklı türlerin DNA düzeyinde karşılaştırılmaları, C değeri paradoksu İlgili konunun okunması.
14 N değeri paradoksu ve gen dışı dizilerin evrimi İlgili konunun okunması.



Kaynaklar
Ders Notu D.E. Krane, M.L. Raymer,Fundamental concepts of bioinformatics,Benjamin Cummings, 2003
Diğer Kaynaklar D.E. Krane, M.L. Raymer,Fundamental concepts of bioinformatics,Benjamin Cummings, 2003



Değerlendirme Sistemi Sayısı Toplam Katkı Yüzdesi
Yıl/Yarıyıl İçi Çalışmalar
Arasınavlar 1 100
Yıliçi Toplam 1 100
Yıliçinin Başarıya Oranı 40
Yıl/Yarıyıl Sonunun Başarıya Oranı 60
Genel Toplam 100





Program Çıktılarına Katkısı
No Program Yeterlilikleri (Öğrenme Çıktıları) Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
1 Matematik, fen bilimleri ve kendi dalları ile ilgili mühendislik konularında yeterli altyapıya sahiptir. x
2 Matematik, fen bilimleri ve kendi alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri mühendislik çözümleri için beraber kullanır. x
3 Mühendislik problemlerini saptar, tanımlar, formüle eder ve çözer, bu amaçla uygun analitik yöntemler ve modelleme tekniklerini seçer ve uygular. x
4 Bir sistemi, sistem bileşenini ya da süreci analiz eder ve istenen gereksinimleri karşılamak üzere gerçekçi kısıtlar altında tasarlar; bu doğrultuda modern tasarım yöntemlerini uygular. x
5 Mühendislik uygulamaları için gerekli olan modern teknik ve araçları seçer ve kullanır. x
6 Deney tasarlar, deney yapar, veri toplar sonuçları analiz eder ve yorumlar. Mühendislik tekniklerini kullanarak tıp ve biyoloji alanlarındaki problemlere çözüm bulur. x
7 Bireysel olarak ve çok disiplinli takımlarda etkin olarak çalışır. x
8 Bilgiye erişir ve bu amaçla kaynak araştırması yapar, veri tabanları ve diğer bilgi kaynaklarını kullanır. x
9 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincindedir; bilim ve teknolojideki gelişmeleri izler ve kendini sürekli yeniler. x
10 Alanının gerektirdiği en az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı İleri Düzeyinde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır. x
11 Sözlü ve yazılı etkin iletişim kurar; bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B1 Genel Düzeyinde kullanır. x
12 Mühendislik çözümlerinin ve uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlardaki etkilerinin bilincinde olur; girişimcilik ve yenilikçilik konularının farkında olur ve çağın sorunları hakkında bilgiye sahiptir. x
13 Mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahiptir. x
14 Proje yönetimi, işyeri uygulamaları, çalışanların sağlığı, çevre ve iş güvenliği konularında bilinç; mühendislik uygulamalarının hukuksal sonuçları hakkında farkındalığa sahiptir. x
15 Biyomedikal sektöründe ulusal ve uluslar arası kurumlarca tercih edilecek donanım ve yeterliliğe sahiptir. x
16 Hastanelerimizde teknoloji kullanımında kalite ve güveni artırmak için klinik mühendisliği alanında eğitim ve danışmanlık hizmetlerini sağlar. x
17 Hastane, sağlık örgütleri ve tıbbi teknoloji üretici/satıcılarına danışmanlık ve teknik destek hizmetleri sağlar. x



AKTS / İş Yükü Tablosu
Etkinlik Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Süresi 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi 14 4 56
Ödev 6 2 12
Arasınavlar 1 25 25
Yarıyıl / Yıl Sonu Sınavı 1 30 30
Toplam İş Yükü (saat) 165
Toplam İş Yükü / 30 (s) 5,5
Dersin AKTS Kredisi 6