2009-2010 güz yarıyılından itibaren Kocaeli Üniversitesiyle ortak olarak yürütülmeye başlayan iktisat doktora programından şimdiye kadar 1 öğrenci mezun olmuştur. 2012 yılında ise YÖK kararıyla Bülent Ecevit Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü İktisat anabilimdalında müstakil doktora programı açılmıştır.